【GOMK-56】ヒロインフルボッコ 忍者特捜隊バードファイター 三浦まい 文献速递 | 基因组学数据库助力动植物种质资源接头

跟着基因组学接头的速即发展，高通量测序时刻的连续推出与改良，使得大限制基因组数据快速生成成为可能。由于基因组学数据体积巨大，传统的时刻还是无法无礼重大的基因组学数据的存储、束缚和分析。因此，终点有必要树立基因组学数据库，杀青基因组学数据的高效查询、可视化和深度分析，助力科学接头。元莘生物提供优质的基因组学数据库树立奇迹，起劲挖掘个性化的组学数据和分享治理决策。底下，小编将为大众分享近期发表的高分基因组学数据库著述【GOMK-56】ヒロインフルボッコ 忍者特捜隊バードファイター 三浦まい，沿路来学习吧！

文献一

AlliumDB：葱属相比基因组学和功能基因组学数据库

文献标题：AlliumDB: A central portal for comparative and functional genomics in Allium

发表期刊：Horticulture Research

影响因子：8.7（Q1）

发表时候：2023.12.29

著述连合：DOI: 10.1093/hr/uhad285

纲领

葱属（Allium）属于天南星科（Amaryllidaceae），包括洋葱、大蒜、束葱和韭菜等具有遑急经济价值的作物，可用作蔬菜、香料和传统药物。葱属植物基因组重大，进攻了对遑急农艺性状的遗传分析和分子育种。跟着基因组、重测序、转录组和表型数据的连续积存，对详细性 Allium 数据库的需求日益加多。在此，该著述构建了一个用户友好型数据库 AlliumDB (https://allium.qau.edu.cn)，四肢整合世界数据和里面数据的功能基因组学中心。该数据库包含悉数当今可用的葱属物种的核基因组和细胞器基因组，并凭据GO和KEGG分析、嫡派同源、基因家眷、卵白质家眷（Pfam）和非编码 RNA 家眷（Rfam）对基因进行了全面瞩目。此外，该数据库将转录组数据和变异图谱整合到动态可视化用具中，通过拍摄表型像片等设施为全球鸠合的数百种葱属植物种质生成了性状纪录。将 JBrowse 用于基因结构、RNA 测序数据和变异数据的可视化。分析用具，如基本局部比对搜索用具（BLAST）、序列索取，富集和基序分析用于探索潜在的基因功能。该数据库包含全面的葱属植物基因型和表型数据集。跟着拼装新的基因组和产生新的葱属植物种质资源重测序数据，数据库将跟着这些多组学数据和相比基因组学接头而连续完善和更新。

【GOMK-56】ヒロインフルボッコ 忍者特捜隊バードファイター 三浦まい

文献二

Plant GARDEN：一个用于交叉搜索各式植物物种的不同类型基因组和遗传资源的家数网站

文献标题：Plant GARDEN: a portal website for cross-searching between different types of genomic and genetic resources in a wide variety of plant species

发表期刊：BMC Plant Biology

影响因子：5.3（Q1）

发表时候：2023.08.12

著述连合：DOI: 10.1186/s12870-023-04392-8

纲领

植物基因组信息对于植物接头和发展至关遑急。跟着已发布的植物基因组数目的加多，色综合需要一个高效的系统从植物界很多植物物种中检索各式基因组有关信息。固然树立了各式植物数据库，但莫得一个世界数据库涵盖了不同植物物种的基因组和遗传资源。该著述树立了一个植物基因组家数网站Plant GARDEN（Genome And Resource Database Entry: https://plantgarden.jp/en/index），以提供与不同植物物种的植物基因组学和遗传学有关的各样化信息。使用Elasticsearch四肢搜索引擎，并提供了跨物种的交叉要道词搜索功能。寂然树立了面向个东说念主推测机和平板电脑的基于Web的用户界面（WUI），使数据搜索愈加浅易。Plant GARDEN存储了多种类型的数据：参考基因组、基因序列、基于PCR的DNA象征、在遗传接头中决然的与特征有关的DNA象征、SNP以及公开可用的序列读取归档（SRA）上的插入/缺失变异。扫尾2023年3月，Plant GARDEN注册的数据包括304个拼装的基因组序列、11，331，614个基因序列、419，132个DNA象征、8，225个QTL和5，934个SNP列表（gvcf文献）。此外，使勤勉能瞩目用具Hayai-Annotation对Plant GARDEN中注册的悉数基因进行了再行瞩目，以相比基因之间的同源干系。Plant GARDEN最终将包括大量拼装的植物物种的基因组序列，因此数据库中的植物物种数目将络续扩大，通过促进已注册序列的相比来推进对基因组和基因各样性的意会。

文献三

PPGR：详细性多年生植物基因组与调控数据库

文献标题：PPGR: a comprehensive perennial plant genomes and regulation database

发表期刊：Nucleic Acids Research

影响因子：14.9（Q1）

发表时候：2023.12.02

著述连合：DOI: 10.1093/nar/gkad963

纲领

多年生木本植物因其独到的特质而具有遑急的生态趣味趣味。固然在其基因组和功能接头方面赢得了要紧阐扬，但仍然存在一个要紧挑战：穷乏一个全面的参考平台来鸠合、整合和潜入分析大量数据。在此，该著述提议了 PPGR（Resource for Perennial Plant genomics and Regulation);https://ngdc.cncb.ac.Cn/ppgr/）数据库，通过鸠合、整合、分析和可视化多年生植物的基因组、基因调控和功能数据来弥补这一要紧空缺。PPGR当今包括60个物种，8.47亿个卵白质/转录因子-靶标相互作用，9016个不同环境条款和遗传布景下的转录组样本。值得正经的是，PPGR 重心温雅调控木柴坐褥、季节性就寝、萜烯生物合成和叶片朽迈的基因，这些基因代表了来自推行数据、文献挖掘、世界数据库和基因组接洽的丰富信息。此外，PPGR 还集成了一系列多组学搜索和分析用具，以浅易浏览和诓骗这些重大的数据集。PPGR 是多年生植物的全面而优质的资源，通过实例接头解释了它在揭示基因功能和答复潜在调控历程方面的智商。

本次文献速递分享了近期发表的葱属相比基因组学和功能基因组学数据库、植物大型基因组数据库和详细性多年生植物基因组与调控数据库。这些数据库整合多物种多组学数据、集成一系列组学搜索和分析的用具【GOMK-56】ヒロインフルボッコ 忍者特捜隊バードファイター 三浦まい，便于查询和诓骗重大的基因组学数据，有助于物种进化、分子育种和资源保护等接头。不知说念本次对于基因组学数据库的分享是否对诸君憨厚有匡助呢？